哈佛大学研究人员获2019年11月13日哈佛大学研究人员获2019年11月13日哈佛大学研究人员获2019年11月13日哈佛大学研究人员获2019年11月13日哈佛大学研究人员获2019年11月13日

三个哈佛大学的研究团队已经得到了陈-扎克伯格倡议(CZI)的认可,该倡议资助他们的开源软件项目,这些项目被认为是“对生物医学研究至关重要的”。这些赠款将支持软件维护、增长、开发和社区参与。

开源软件是可以公开访问的,因此任何人都可以修改或共享它。这种构建数据分析工具的方法被广泛认为对现代科学研究至关重要,因为它使全世界的科学家能够在提供重现性和透明性的同时迅速推进生物学和医学的发展。

哈佛大学领导的项目包括DeepLabCut:由Mackenzie Mathis领导的一个用于强健动物姿势估计的开源工具箱。

“DeepLabCut是一个开源软件包,可以有效地对从果蝇到灵长类动物的动物进行3D姿态估计。“我们很高兴收到来自CZI的拨款来支持这个软件,它被世界各地的数百个实验室使用。我们非常高兴能继续开发新的工具,运行用户培训研讨会和黑客马拉松,并与其他开源模块进行交互,以帮助开发针对行为的神经科学和医学研究的管道。”

哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计系的研究科学家Rory Kirchner因bcbio-next项目及其“维护和改进经过验证的、社区开发的下一代测序(NGS)分析”的工作而获奖。

基什内尔说,如果你想成为基因组学的前沿,你需要参与开源软件。“商业的、闭源的解决方案对于许多分析来说是存在的,但是它们常常远远落后于目前的技术水平,有时比已知的最好的还要落后几年。我们的目标是帮助研究人员把更多的时间花在思考和研究他们实验的生物学方面,而不是把更多的时间花在对数据进行不重要的、科学上枯燥的计算处理上

麻省理工学院和哈佛大学的布罗德研究所,高级计算助理Bhanu Gandham被CZI授予GATK项目(基因组分析工具包),以进一步开发GATK方法来发现和评估细菌变异。

Gangham说,世界上最紧迫的需求应该由人类的集体科学人才来解决。通过提供一个改进数据共享和协作的平台,我们希望能够使研究人员能够使用可计算重现和互操作的细菌变异分析方法

在这一轮融资中,CZI总共为32个项目提供了500万美元。除了支持软件工具的改进,该组织还将为获奖者提供与其他开源软件开发人员、技术专家和更广泛的科学界成员联系的机会。

在一份声明中,CZI科学负责人Cori Bargmann说:“开源软件加速了科学家们每天的工作,无论是搜索疾病基因的基因组序列,跟踪疾病爆发,还是在显微镜下计数细胞。”科学家的能力取决于他们的工具,我们很高兴能够支持开源项目,这将使整个科学界受益,并帮助每一位科学家成为更好的科学家。”

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